Ninja opprettholder flerfaktorsautentisering for alle innlogginger – uansett brukerrolle, og støtter SMS-er, autentifiseringsapper og fastvarebaserte sikkerhetsnøkler, inkludert FIDO og WebAuthn-løsninger. Ninja støtter også innlogging via SOO med felles identitetsforsynere, og muliggjør tilgangsstyring for Ninja-plattformen på bedriftsnivå.