O Ninja aplica a autenticação multifator a todos os acessos, independentemente da função do usuário, com suporte a SMS, aplicativos de autenticação e chaves de segurança baseadas em hardware, incluindo soluções FIDO e WebAuthn. O Ninja também é compatível com login via SSO com provedores de identidade comuns, permitindo o gerenciamento de acesso de nível empresarial à plataforma Ninja.