Ninja upprätthåller multifaktorautentisering för alla inloggningar – oavsett användarroll, med stöd för SMS, autentiseringsappar och maskinvarubaserade säkerhetsnycklar inklusive FIDO- och WebAuthn-lösningar. Ninja stöder också inloggning via SSO med standard identitetsleverantörer, vilket möjliggör åtkomsthantering på företagsnivå till Ninja-plattformen.